Aktsiaselts Eesti Loots moodustati Eesti Vabariigi Valitsuse 20. novembri 2000. a korraldusega nr 921-k. Enne Eesti Lootsi moodustamist osutas lootsiteenust Laevaliikluse Juhtimise Keskus, mille tegevus on lõpetatud alates 31. detsembrist 2000. a vastavalt Teede- ja Sideministeeriumi 31. oktoobri 2000. a määrusele nr 86.

Aktsiaseltsi Eesti Loots aktsiate omanikuks on riik ning aktsiate valitsejaks on määratud Majandus- ja Kommunikatsiooniministeerium.